企业在选择审计代办机构时，需要注意以下几个重要问题：

资质与信誉：确认代办机构是否具备合法的审计资质，如相关的执业许可证。同时，了解其在行业内的信誉和口碑，可以通过查询客户评价、行业排名等方式。

专业能力：考察代办机构的专业团队，包括审计师的资质、经验和专业领域。确保其团队具备处理企业所属行业和特定审计需求的能力。

服务范围：明确代办机构能够提供的具体服务内容，是否涵盖企业所需的全部审计类型和相关咨询服务。

工作经验：了解其在类似企业或行业中的审计经验，这有助于判断其对企业业务和财务状况的理解能力。

沟通与协作：良好的沟通是关键，确保代办机构能够及时、清晰地与企业交流审计进展和问题，并愿意与企业协作解决。

收费标准：清晰了解收费方式和费用结构，避免出现隐藏费用或后期不合理的收费增加。

保密措施：审计涉及企业的敏感信息，确认代办机构有严格的保密制度和措施，保障企业数据的安全。

质量控制：了解代办机构内部的质量控制流程，以保证审计工作的准确性和可靠性。

应急预案：询问在遇到特殊情况（如突发政策变化、审计难题等）时，代办机构是否有相应的应急预案和解决办法。

实地考察（如有可能）：如果条件允许，可以对代办机构进行实地考察，了解其办公环境、工作流程和团队氛围。

企业在与审计代办机构合作时，可以通过以下方式保障自身的合法权益：

签订详尽合同：在合同中明确双方的权利和义务、服务范围、收费标准、交付成果的时间和质量要求、违约责任等关键条款。

明确保密责任：规定代办机构对企业的商业秘密和敏感信息负有严格的保密义务，违反保密责任应承担相应的法律后果。

要求定期沟通与报告：约定代办机构定期向企业汇报审计工作进展，及时沟通发现的问题和解决方案。

审核审计计划：对代办机构制定的审计计划进行审核，确保其符合企业的需求和预期。

保留监督权：企业有权对代办机构的工作进行监督和检查，如抽查工作文件、询问工作进展等。

设定质量标准：在合同中明确审计报告的质量标准，要求符合相关法律法规和行业规范。

知识产权归属：明确在合作过程中产生的知识产权归属企业所有。

争议解决机制：在合同中约定争议解决的方式，如仲裁或诉讼，以及适用的法律和管辖法院。

建立反馈机制：对代办机构的服务进行评价和反馈，及时提出改进意见。

留存相关证据：在合作过程中，妥善保存与合作相关的文件、邮件、沟通记录等证据，以备可能出现的纠纷。