上海企业申请中长期外债备案登记的流程如下：

准备申请材料：企业需要准备相关材料，包括申请书（内容涵盖债务人与债权人基本情况、外债金额、利率、期限、用途等要点）、外债合同正本（明确重要条款，外文合同需附主要条款中文译本）、中资企业需提供营业执照复印件和上年度或近一期经审计的财务报告复印件等，外商投资企业应提供批准证书或《外商投资企业设立/变更备案回执》复印件、营业执照复印件等，选择宏观审慎管理模式的还需提供上年度或近一期经审计的财务报告复印件，以及《境内机构外债信息表》、《宏观审慎跨境融资风险加权余额情况表（企业版）》等。（具体材料要求可能因企业性质和外债类型而有所不同）

网上登记：自2020年11月1日起，申请人按办事指南要求，将申请材料准备齐全后，登录国家发展改革委门户网站“政务服务”频道进行网上登记，填写申请表单并上传电子材料。

提交纸质材料：网上登记完成后，申请人需将纸质版材料同步报送至政务服务大厅。建议不晚于债券发行或贷款提款前45个工作日提交申请材料。

形式审查：政务服务大厅收到全部申请材料后，窗口工作人员对申请材料进行形式审查，审查合格的予以接收。

复查受理：承办司局对相关材料进行复查，审查合格的予以受理。

审核与决定：受理后，承办司局审理申请材料内容并作出备案决定。对于材料内容存在错漏的，承办司局将通过网上系统向申请人发出补齐补正通知。

获取结果：备案结果信息通过短信形式告知，中央管理企业和金融机构的备案登记证明将通过文件交换系统送至集团总部（总公司、总行等），地方企业的备案登记证明将通过文件交换系统送至省级（或计划单列市）发改委。企业取得备案登记证明后，应在每期发行/提款结束后10个工作日内，登录国家发展改革委门户网站“政务服务”频道报送发行信息。

国家发改委在收到全部备案登记申请文件后5个工作日决定是否予以受理，自受理之日起7个工作日内（不含补齐补正用时），在外债总规模限额内出具《企业借用外债备案登记证明》。申请人未按规定提供全部申请材料的，将不予受理；申请人未按要求在规定时限内提交补齐补正材料的，将不予办理备案登记。

需要注意的是，实际操作过程中可能会根据企业所属行业、备案事项的具体要求等进行调整和优化，建议企业随时关注相关政策变化，并可以咨询服务机构或当地的发改部门以获取更准确的信息和指导。同时，企业应确保提供的材料真实、准确、完整，并按照规定的时间和要求进行申请和报送相关信息。

另外，企业在办理外债备案登记之前，需根据相关规定将备案事项报送国家发展和改革委员会进行备案审批。发改委会根据企业提供的备案材料进行初步审查，凡符合条件的备案事项将获得发改委的备案批复。