在审计人员独立性评估中发现问题时，可以采取以下步骤进行处理：

一、深入调查问题

组建专门的调查小组：小组成员应包括具有丰富审计经验、熟悉内部制度和法律法规的人员。

收集详细的证据和相关信息：如审计工作底稿、沟通记录、财务交易凭证等，以全面了解问题的性质和严重程度。

二、分析问题原因

从个人因素、组织环境、制度漏洞等多个方面进行深入剖析：判断是审计人员自身的职业道德缺失，还是企业的管理不善导致的问题。

考虑问题的系统性和普遍性，是否存在类似问题在其他审计人员或项目中也有出现的可能。

三、根据问题严重程度采取相应措施

对于轻微的违规行为：可以通过警告、批评教育、要求书面检讨等方式，使审计人员认识到错误并承诺改正。

对于较严重的问题：如存在利益输送、故意隐瞒重要信息等，可能需要暂停审计人员的工作，进行进一步调查，并根据企业内部规定给予相应的纪律处分，包括降职、罚款、解除劳动合同等。

涉及违法犯罪的行为：应立即向有关执法部门报告，依法追究法律责任。

四、制定整改计划

针对发现的问题，制定具体的整改措施和时间表：例如完善内部制度、加强培训、优化监督机制等。

明确责任人和监督人，确保整改计划能够得到有效执行。

五、加强培训和教育

组织全体审计人员参加针对性的培训课程：强化职业道德和独立性的重要性，提高审计人员的风险意识和合规意识。

分享案例分析，让审计人员从实际案例中吸取教训，避免类似问题再次发生。

六、跟踪和监督整改效果

定期对整改情况进行检查和评估：核实整改措施是否得到有效落实，问题是否得到根本解决。

根据跟踪结果，对整改不力的情况进行督促和调整。

七、完善内部制度和流程

总结评估中发现的问题，对现有内部制度和流程进行修订和完善：堵塞可能导致独立性受损的漏洞。

建立预防机制，定期对制度的执行情况进行审查和更新。

例如，在某企业的审计人员独立性评估中，发现一名审计人员与被审计单位存在不当的经济往来。企业立即成立调查小组，收集证据后确认问题较为严重。对该审计人员予以解除劳动合同的处分，并向全体员工通报。同时，企业制定了详细的整改计划，包括加强对审计人员的背景审查、增加独立性培训课程等。在后续的跟踪监督中，确保整改措施有效执行，并不断完善相关制度，防止类似问题再次出现。