深圳企业进行境外投资时，需遵循商务部的相关规定和要求，主要审批要点包括但不限于以下几个方面：

1. 审批或备案的分类

核准：对于涉及敏感国家或地区、敏感行业的境外投资项目，需要向商务部申请核准。

备案：除了上述需要核准的情况外，其他的境外投资项目则实行备案管理。

2. 敏感国家或地区、敏感行业

敏感国家或地区通常指的是与中华人民共和国未建交的国家、受联合国制裁的国家、发生战争、内乱的国家和地区等。

敏感行业一般包括但不限于基础电信运营、跨境水资源开发利用、大规模土地开发、输电干线、电网、新闻传媒等行业，以及房地产、酒店、影城、娱乐业、体育俱乐部等特定领域的境外投资。

3. 投资项目的信息报告

对于中方投资额3亿美元及以上的境外收购或竞标项目，投资主体在对外开展实质性工作之前，应先向国家发展改革委报送项目信息报告，获取确认函。

4. 提交的材料

申请书：需详细说明投资主体情况、境外企业名称、股权结构、投资金额、经营范围、经营期限、投资资金来源、投资具体内容等。

《境外投资申请表》：通过“管理系统”填写打印，并加盖企业印章。

境外投资相关合同或协议。

有关部门对境外投资所涉的属于中华人民共和国限制出口的产品或技术准予出口的材料（如果适用）。

企业营业执照复印件。

5. 审核过程

商务部或地方商务主管部门将在收到完整材料后的一定时间内完成审核或备案。审核过程中，可能会征求驻外使（领）馆的意见。

若材料不全或不符合法定形式，商务部或地方商务主管部门将在规定时间内一次性告知申请企业需要补正的内容。

6. 完成后的报告

企业完成境外投资后，需向商务主管部门报告境外投资业务情况和统计资料，特别是对于核准、备案管理范围内的项目，应在项目完成后20个工作日内提交项目完成情况报告表。

7. 领取的文件

完成审批或备案后，企业可以获得《企业境外投资证书》或《企业境外机构证书》等文件，作为合法开展境外投资活动的凭证。

以上就是深圳企业境外投资商务部审批的主要要点，企业需根据实际情况准备相应的材料，并遵循相关流程完成审批或备案。