北京企业境外投资备案的流程主要包括以下几个步骤：

登录平台：

投资主体需登录“北京市发展改革系统网上政务服务平台”，这是办理备案的主要渠道。

提交申请材料：

电子签章方式：如果投资主体具备电子签章，可以直接将申请材料经电子签名或加盖电子印章后提交。

扫描上传方式：对于尚不具备电子签章的投资主体，需要将申请材料的纸质版加盖本单位公章后，扫描成PDF格式并上传至平台。

特殊事项处理：若涉及国家秘密或不适宜使用网络系统的事项，可按照《中华人民共和国保密法》的要求，另行提交纸质备案资料。

审查申请材料：

北京市发展改革委收到申请材料后，会对材料的齐全性、合法有效性以及是否符合国家和北京市相关规定进行审查。

受理与备案：

审查通过后，市发展改革委将在线予以受理，并完成备案。备案结果会以短信的形式告知投资主体。

领取备案通知书：

投资主体可选择在市政务服务中心现场领取项目备案通知书，或者通过邮寄的方式获取。另外，自推广应用电子印章后，投资主体也可以自行登录“北京市发展改革系统网上政务服务平台”下载、打印备案通知书。