北京企业在香港注册公司时，需要支付以下几类费用：

政府费用：

公司注册费：注册香港公司需向香港公司注册处支付约HKD 1,720（包括首年商业登记费）。

商业登记证费：约为HKD 2,200。

代理服务费用：

许多企业会选择通过代理机构来完成注册流程，以应对语言和文化差异。代理服务通常包括文件准备、提交申请、后续服务（如银行开户、税务登记等）。根据服务内容和代理机构的不同，代理服务费用一般在HKD 5,000至20,000之间。

银行开户费用：

为了便于经营，大多数香港公司会选择开设本地银行账户。开户费用因银行而异，通常在HKD 1,000至3,000不等，具体取决于所选银行及服务项目。

审计与税务费用：

年度审计费用：根据《公司条例》，所有香港公司必须进行年度审计。审计费用取决于公司的规模和业务复杂度，大约在HKD 10,000至30,000之间。

利得税：香港实施地域来源原则征税，只有源自香港的利润才需缴纳税款。标准税率为16.5%。

注册资本：

虽然注册资本不会直接影响到注册费用，但会影响未来可能产生的审计和税务要求。香港实行授权资本制，即股东只需承诺在未来某个时间点缴纳一定金额的资本即可。通常情况下，注册资本可以设定为1万港币起。

其他潜在费用：

注册地址使用费：如果选择由代理提供，则需支付相应的费用。

法定秘书服务费：法定秘书的服务费用，这部分通常是包含在代理服务费用中的。

印章制作费用：制作公司公章和其他必要印章的成本。

维护费用：如年度报告提交、续期商业登记证等持续性管理费用。

总结来说，北京企业在香港注册公司的总费用从几千到几万港币不等，主要取决于注册资本大小、所选代理服务类型以及未来运营中可能产生的审计和税务成本。通过仔细规划和选择合适的服务提供商，可以有效控制和降低整体成本。请注意，以上信息基于现有资料整理，具体费用可能会有所变动，企业可以咨询北京金九国际咨询服务有限公司获取新报价。