企业进行境外投资备案是一个涉及多个步骤和部门的复杂过程，以下是详细的办理流程：

准备基本材料

申请书：详细阐述境外投资项目的基本情况、投资目的、投资金额、投资方式等。

《境外投资申请表》：按照要求填写相关信息。

营业执照复印件：证明企业的合法经营身份。

相关合同或协议：如并购协议、投资协议等，明确投资双方的权利和义务。

真实性承诺书：确保提交的所有材料真实、准确、完整。

其他必要材料：根据具体项目情况，可能还需要提供可行性研究报告、投资环境分析评价、尽职调查报告等。

向商务部门提交申请

企业需登录全国境外投资管理和服务网络系统（企业办理需先注册账号），在线填写申请表单，并上传规定格式的申请材料。

商务部门负责整体审批企业境外投资事项，审核通过后颁发《企业境外投资证书》。

向发改部门提交申请

企业需向国家发展改革委员会（发改委）提交立项申请，包括《境外投资备案表》、请示文件、真实性承诺书等材料。

发改委对项目进行审核，符合条件的予以核准或备案，并出具《境外投资项目备案通知书》。

外汇管理局备案

企业根据投资金额向国家外汇管理局申报，办理境外直接投资外汇登记手续，获取《境外直接投资外汇登记证》。

对于大额投资项目，需提供投资资金来源的合法性和充足性证明。

总的来说，企业在办理境外投资备案时，应确保所有提交的材料真实、准确、完整，并符合相关法律法规的要求。同时，企业还应关注政策变化，及时调整投资策略，以降低合规风险。