办理EDI许可证需要准备的材料主要包括公司营业执照、法人身份证、股东身份证、公司章程等。下面将详细探讨这些材料：

公司营业执照：需提供营业执照副本原件的扫描件，并在提交时附上执照复印件，加盖公司公章。

法人身份证：需要提供法人代表的二代身份证正反面扫描件。

股东身份证：若股东为个人，则需提供其二代身份证正反面扫描件；若股东为公司，则需要提供该公司的营业执照副本及公司章程。

公司章程：需提供加盖工商局档案查询章的公司章程原件。

股权结构图：由法人签字并加盖公司印章。

验资报告与审计报告：需要提供原件的扫描件。

社保记录：提供3名员工近3个月的社保记录。

域名证书：需拥有企业域名注册证书的扫描件。

服务器接入托管合同和托管商IDC资质复印件：证明企业的服务器接入情况以及托管服务商的资质。

总的来说，办理EDI许可证是一个涉及多个环节和材料的复杂过程。企业在申请前应仔细了解相关要求和流程，确保所有材料的真实性和完整性。同时，企业还应遵守相关法律法规，确保业务的合规性和可持续发展。