以下是海南企业办理境外投资备案通常的流程（涉及到商务部门、发改部门以及外汇管理等环节）：

一、商务部门

确定是否需要核准/备案

根据《境外投资管理办法》规定，企业境外投资涉及敏感国家和地区、敏感行业的，实行核准管理。其他情形实行备案管理。

敏感国家和地区名单可参考商务部发布信息；敏感行业包括：武器装备的研制生产维修、跨境水资源开发利用、新闻传媒等。

备案途径

对属于备案情形的境外投资，如果是中央企业报商务部备案；海南地方企业报所在地省级商务主管部门（海南省商务厅）备案；3亿美元以上项目省级商务部门初审后报商务部备案。

对属于核准情形的境外投资，中央企业向商务部提出申请，海南地方企业通过所在地省级商务主管部门（海南省商务厅）向商务部提出申请。

备案程序及提交材料

程序：商务部和省级商务主管部门通过“境外投资管理系统”对企业境外投资进行管理，并向获得核准/备案的企业颁发《企业境外投资证书》。《证书》是企业境外投资获得核准的凭证，由商务部和省级商务主管部门分别印制并盖章，实行统一编码管理。

材料：

《境外投资申请表》（企业自行通过“商务部业务系统统一平台企业端”按要求填写打印并加盖印章）；

申请书（主要包括投资主体情况、境外企业名称、股权结构、投资金额、经营范围、经营期限、投资资金来源、投资具体内容等）；

境外投资相关合同或协议；

有关部门对境外投资所涉的属于中华人民共和国限制出口的产品或技术准予出口的材料；

企业营业执照复印件。

事后监管

自领取《证书》之日起2年内，企业未在境外开展投资的，《证书》自动失效。

企业应当要求其投资的境外企业中方负责人及时向驻外使（领）馆（经商处室）报到登记。

企业应当向原备案或核准的商务部或省级商务主管部门报告境外投资业务情况、统计资料，以及与境外投资相关的困难、问题，并确保报送情况和数据真实准确。企业应当登录“境外投资管理系统”的对外投资合作信息服务，进入“备案（核准）报告”子模块开展报告。

二、发改部门

确定是否需要核准/备案

根据《企业境外投资管理办法》规定，国家发展改革委对敏感类项目实行核准管理，对非敏感类项目实行备案管理。

敏感类项目包括涉及敏感国家和地区、敏感行业的境外投资项目等（敏感国家和地区、敏感行业有相关目录）。

备案途径

实行核准管理的项目，投资主体应当通过“全国境外投资管理和服务网络系统”向国家发展改革委提交项目申请报告并附具有关文件。其中，投资主体是中央管理企业的（含中央管理金融企业、国务院或国务院所属机构直接管理的企业），由其集团公司或总公司向核准机关提交；投资主体是地方企业（海南企业）的，由其直接向国家发展改革委提交。

实行备案管理的范围是投资主体直接开展的非敏感类项目；实行备案管理的项目中，投资主体是中央管理企业的，备案机关是国家发展改革委；投资主体是地方企业（海南企业），且中方投资额3亿美元及以上的，备案机关是国家发展改革委；投资主体是地方企业（海南企业），且中方投资额3亿美元以下的，备案机关是投资主体注册地的省级政府发展改革部门。

备案程序及提交材料

程序：通过相关系统提交材料审核等。

材料（通常）：

项目备案申报文件；

项目备案表；

投资主体注册登记证明文件；

追溯至终实际控制人的投资主体股权架构图；

新经审计的投资主体财务报表；

自有资金证明、投资决策文件；

具有法律约束效力的投资协议或类似文件；

证明项目真实性的其他相关材料等。

三、外汇管理局（外汇登记）

在完成商务和发改的备案核准手续后：

企业需在国家外汇管理局海南分局办理境外投资外汇登记。

准备相关材料（如境外投资批准文件、营业执照等，具体以外汇管理局要求为准）。

外汇管理局审核后完成登记，企业可根据登记情况进行资金的跨境调拨等操作（如果投资金额500万美金以上的，需向外管部门汇报 ）。

前期筹备和其他注意事项：

企业首先需要明确境外投资的目标市场、行业定位及投资规模，进行详尽的市场调研，评估投资的经济、政治、法律风险等。

准备材料过程中要确保材料的真实性、完整性、准确性和合规性。

不同阶段流程时间：

商务部门备案审核时间通常3 - 7个工作日（地方备案情形）。

发改部门备案审核时间各地不一，3 - 20个工作日不等（省级备案情形）。

外汇登记审核时间7 - 20个工作日（建议多预留时间）。

整个流程如果顺利进行的话一般几个月内可以完成，但如果涉及复杂情况、补充材料、审核意见等可能时间会延长。建议企业在办理过程中可咨询相关、机构或有经验的人士等。