山东企业境外投资备案证书办理流程如下：

准备材料

填写《境外投资备案表》。

提供企业营业执照副本。

对外投资设立企业或并购相关的章程（合同、协议）。

相关董事会决议或出资决议。

前期工作落实情况说明，包括尽职调查、可研报告、投资资金来源情况的说明、投资环境分析评价等。

并购类对外投资需提交《境外并购事项前期报告表》。

境外投资真实性承诺书。

在线申报

登录山东省发展改革委网站或相关政务服务平台。

填写境外投资备案相关信息并上传准备好的材料。

受理审查

相关部门对提交的材料进行受理和审查。

补充完善

如果材料不齐全或不符合要求，企业需按照要求补充完善。

审核通过

经审核通过后，颁发《企业境外投资证书》。

企业在办理前好咨询当地的发展改革部门或商务部门，以获取新、准确的办理流程和要求。