企业可以通过以下几种方式来有效应对审计意见局限性带来的风险和影响：

建立内部审计监督机制：加强内部审计部门的独立性和性，定期对企业的财务和运营情况进行审查，及时发现潜在问题，并与外部审计结果相互印证和补充。

提升财务人员素质：通过培训和学习，提高财务人员的能力和职业道德，确保财务数据的准确性和合规性，为审计工作提供可靠的基础。

强化风险管理体系：建立全面的风险管理框架，对可能影响审计意见的风险因素进行识别、评估和监控，提前制定应对策略。

加强与审计师的沟通协作：在审计过程中，保持与审计师的密切沟通，及时解答疑问，提供必要的协助，确保审计师充分了解企业的业务和财务状况。

完善内部控制制度：定期评估和优化内部控制流程，明确各部门和岗位的职责权限，加强内部监督和制衡，减少舞弊和错误的发生。

进行多维度的信息披露：除了遵循法定的披露要求，企业可以主动提供更多相关的、有用的信息，帮助利益相关者更全面地了解企业的实际情况。

建立应急响应机制：针对可能出现的因审计意见局限性导致的危机，制定应急预案，明确责任人和应对措施，迅速采取行动降低损失。

持续关注法规变化和行业动态：及时调整企业的经营策略和财务管理方式，以适应不断变化的外部环境，减少因法规和行业变化带来的审计风险。

定期开展审计意见评估：对已出具的审计意见进行内部评估，分析其中可能存在的局限性和潜在风险，为未来的审计工作提供经验教训。

借助外部专家资源：在必要时，聘请法律、财务顾问等外部专家，对审计意见进行独立评估和提供建议。

以下是一些应对审计意见局限性的成功案例：

案例一：某制造企业

背景：该企业收到的审计意见指出其成本核算方法存在一定局限性，可能影响利润的准确性。

应对措施：

企业内部成立专门的成本核算改进小组，与审计师密切合作，重新评估和优化成本核算流程。

加强对生产环节的监控和数据收集，引入先进的成本管理系统，提高成本核算的准确性和精细化程度。

对财务人员进行针对性的培训，提升其成本核算技能和对新方法的应用能力。

结果：在后续的审计中，成本核算问题得到有效解决，审计意见得到显著改善，企业的财务报表更具可靠性，增强了投资者的信心。

案例二：某互联网公司

背景：审计意见提示该公司在用户数据隐私保护方面的内部控制存在局限性，可能面临潜在的法律风险。

应对措施：

立即组建数据安全团队，制定严格的数据隐私政策和操作流程。

投入资源进行技术升级，加强数据加密和访问控制。

开展员工培训，提高全体员工对数据隐私保护的意识。

结果：通过一系列措施，公司完善了数据隐私保护体系，降低了法律风险，同时也提升了公司在市场上的声誉，吸引了更多合作伙伴。