当企业外债备案登记申请材料的真实性存疑时，可以采取以下应对措施：

要求企业补充说明

向企业发出书面通知，明确指出存疑的部分，要求其提供进一步的解释、证据或补充材料。

例如，若对企业提供的财务数据的准确性存疑，要求其提供更详细的财务报表附注和相关凭证。

实地调查

派遣工作人员到企业进行实地考察，了解企业的实际经营状况、资产情况等。

比如，查看生产车间的运作、库存情况，与员工和管理层进行交流。

第三方验证

委托专ye的第三方机构，如会计师事务所、律师事务所等，对存疑部分进行独立的审查和验证。

例如，让会计师重新审计相关财务数据，律师审查合同的真实性和合法性。

加强信息比对

将企业提供的材料与其他公开可查的信息进行比对，如政府bu门的登记信息、行业报告等。

信用评估

对企业的信用记录进行全面评估，包括过往的债务履约情况、是否有违法违规记录等。

内部审议

组织相关部门和专家进行内部审议，共同分析和判断存疑问题的性质和影响。

暂停审批流程

在真实性问题未得到解决之前，暂时停止审批流程，避免潜在风险。

处罚与警示

如果发现企业故意提供虚假材料，依法给予相应的处罚，并向其他企业发出警示，以维护市场秩序。

建立监督机制

完善对企业外债备案登记申请的监督机制，加强事前、事中、事后的审查和管理。

例如，某企业的外债备案登记申请中，关于其项目收益的预测数据真实性存疑，相关部门首先要求企业补充详细的市场调研和分析报告，同时委托专ye的市场研究机构进行独立评估，并暂停审批流程，待问题解决后再继续推进。